Jan Lipavský je od prosince 2021 ministr zahraničních věcí. Od roku 2017 do roku 2021 byl poslancem Poslanecké Sněmovny Parlamentu ČR.
Jako poslanec Poslanecké sněmovny zastával pozici místopředsedy Zahraničního výboru, místopředsedy Výboru pro obranu, dále byl členem Podvýboru pro obrannou, kybernetickou a bezpečnostní politiku a strategickou koncepci ČR a členem Podvýboru pro migraci a azylovou politiku. Také byl součástí stálé komise pro kontrolu činnosti Vojenského zpravodajství.
Je autorem české podoby tzv. Magnitského zákona, který umožňuje uvalení sankcí vůči zahraničním společnostem a cizincům, kteří se dopustili závažných protiprávních jednání. V listopadu 2022 převzal Magnitského cenu za přínos k ochraně lidských práv.